TortoiseMerge 可以通过命令行选项指定参数运行，而不必非通过打开对话框来选择文件。这便于其它程序调用 TortoiseMerge。
多数选项需要路径及其它信息。这种情况下，选项后用“:”跟一个字符串或路径。例如：
/base:"c:\folder\my base file.txt"
表 B.1. 命令行选项列表
| 命令 | 描述 |
|---|---|
| ? | 弹出一个显示常用命令行参数的对话框。 |
| /help | 同 ? 一样。 |
| 基础版本文件 | 指定三路比较的文件 基础版本文件。这是所有参与比较文件的祖先，尽管它不在单独的窗口显示。对于两路比较，它是左边的文件。 |
| 基础版本文件 | 基础版本文件名称。它代替文件路径在窗口标题栏显示。在三窗口方式时，它出现在窗口标题的提示中。 |
| 他人的文件 | 指定用于三窗口方式的 他人的文件，显示在左窗口。 |
| 他人的文件 | 他人的文件名称。代替文件路径在窗口标题栏显示。 |
| 我的文件 | 指定用于三窗口方式的 我的文件，它显示在右窗口。对于双面板方式，是指右边的文件。 |
| 我的文件 | 我的文件名称。代替文件路径在窗口标题栏显示。 |
| 合并后的文件 | 指定用于三窗口方式的 合并后的文件。它是保存合并/解决冲突的结果的文件路径。如果没有指定，TortoiseMerge 将询问用户保存结果的路径。 |
| 合并后的文件 | 合并结果的文件名称。显示在窗口标题显示路径的地方。 |
| /patchpath | The path where a patch should be applied to. If you don't set this path, then TortoiseMerge will try to find the path itself to match the paths in the patch file, but that can take 很长. |
| /patchoriginal | 对应补丁的原始文件。用于窗口标题。 |
| /patchpatched | 对应补丁的文件名称。用于窗口标题。 |
| 差异 | 将要应用补丁的目录 |
| /oneway | 强制 TortoiseMerge 以单窗口视图启动，忽略用户的配置。 |
| /reversedpatch | 左右交换两个需要比较差异的文件。 |
| /createunifieddiff | Creates a unified diff file (patch file) of two files specified with /origfile:"path_to_original_file" and /modifiedfile:"path_to_modified_file". The target path is set with /outfile:"path_to_resulting_patchfile". If /outfile is not set, a file save dialog is shown so the user can choose the location to save the patch file. Note: If /createunifieddiff is set, all other parameters are ignored. |
为了兼容其它差异比较程序，你也可以在命令行提供简单的文件名。这种简单命令行格式是
TortoiseMerge BaseFilePath MyFilePath [ TheirFilePath ]
如果给出两个文件，它们会互相比较。如果给出三个文件，那么第一个文件视为基础文件，其它两个文件采用三路比较算法。